📚 Eksplorasi & Komparasi Topik Dokumen
Pencarian topik
Hasil Dokumen
Ditemukan: 6 dokumenDAMPAK SUPLEMENTASI GLUKOSA DALAM MEDIUM TERRIFIC BROTH (TB) TERHADAP PERTUMBUHAN DAN PRODUKTIVITAS E. COLI TOP10/ PCDNA3.1(+)_UTR_SPIKE
Plasmid merupakan molekul DNA sirkuler yang secara luas digunakan sebagai vektor dalam rekayasa genetika. Seiring meningkatnya kebutuhan global akan terapi berbasis genetik, maka permintaan terhadap plasmid semakin meningkat. Salah satu faktor yang mempengaruhi produktivitas plasmid adalah sumber dan metode pemberian nutrien, seperti karbon. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh suplementasi glukosa pada medium terrific broth (TB) terhadap pertumbuhan biomassa E. coli TOP10/pcDNA3.1(+)_UTR_spike dan produksi plasmid pcDNA3.1(+)_UTR_spike. Escherichia coli TOP10 rekombinan ini ditumbuhkan dalam medium TB yang mengandung ampisilin dan disuplementasi glukosa dengan konsentrasi 0, 2, 4, dan 8 g/L. Kultivasi dilakukan dengan agitasi 200 rpm selama 18 jam pada suhu 37°C. Hasil penelitian menunjukkan bahwa suplementasi glukosa pada medium TB dapat meningkatkan biomassa E. coli TOP10 (p?0.05) secara nyata. Suplementasi medium TB dengan glukosa 0, 2, 4, dan 8 g/L masingmasing menghasilkan biomassa sebesar 0.18, 0.21, 0.25, dan 0.27 mg DCW/mL. Namun demikian, kultur E. coli TOP10 rekombinan yang disuplementasi glukosa menunjukkan produksi plasmid yang lebih rendah (p?0.05) dibandingkan dengan kultur yang tidak disuplementasi glukosa. Konsentrasi plasmid di dalam sel E. coli TOP10 rekombinan yang ditumbuhkan pada medium TB yang disuplementasi dengan glukosa 0, 2, 4, dan 8 g/L berturut-turut menghasilkan plasmid sebesar 51.53, 42.51, 23.95, dan 10.55 ?g DNA pcDNA3.1(+)_UTR_spike/mg DCW.
SUBKLONING DAN EKSPRESI DOMAIN SITOPLASMIK PHOR MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV SEBAGAI TARGET UNTUK PENCARIAN KANDIDAT OBAT TUBERKULOSIS BARU
Resistensi antibiotik pada Mycobacterium tuberculosis (Mtb) terus meningkat secara global. Kondisi ini menuntut pengembangan strategi baru dalam penemuan obat anti-tuberkulosis (OAT). Salah satu target potensial adalah two-component system PhoPR, yang berperan penting dalam regulasi virulensi dan persistensi Mtb. Penargetan sistem ini, khususnya domain sitoplasmik PhoR (SitoPhoR), berpotensi menghasilkan obat yang dapat melemahkan Mtb. Penelitian sebelumnya telah mengembangkan Dimer-based Screening System (DBSS) yang menargetkan SitoPhoR untuk menapis senyawa yang mampu menginhibisi dimersiasi protein tersebut. Sistem ini memiliki kelemahan yakni, ketidakmampuannya untuk mengamati interaksi langsung antara SitoPhoR dan senyawa uji, maka diperlukan metode lain untuk mengonfirmasinya. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk melakukan subkloning dan ekspresi DNA pengkode SitoPhoR guna memperoleh protein SitoPhoR murni yang dapat digunakan untuk mengonfirmasi interaksi langsung antara SitoPhoR dan senyawa uji. DNA pengkode SitoPhoR akan diisolasi menggunakan polymerase chain reaction (PCR) dari plasmid pAraC-PhoR dan disisipkan ke dalam vektor pET23a(+) menggunakan situs restriksi XhoI dan NdeI. Kedua fragmen akan disambungkan menggunakan T4 DNA ligase untuk membentuk plasmid ekspresi pET23a(+)_SitoPhoR Mtb (~4151 bp). Keberhasilan konstruksi plasmid dikonfirmasi melalui PCR koloni hasil transformasi, PCR Plasmid, dan sekuensing DNA. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 °C dengan agitasi 150 rpm selama 4 jam, baik dengan maupun tanpa penambahan 1 mM inducer Isopropyl ?-D-1- thiogalactopyranoside (IPTG). Sel dipecahkan dengan sonikasi, dipisahkan menggunakan sentrifugasi, dan dianalisis dengan Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). Plasmid ekspresi berhasil dikonstruksi dan DNA pengkode SitoPhoR menunjukkan tingkat kesesuaian sekuens sebesar 100%. Protein rekombinan (~21,5 kDa) berhasil diekspresikan baik dengan maupun tanpa penggunaan inducer. Namun, protein ini hanya terdeteksi dalam fraksi tidak terlarut, menandakan terjadinya misfolding dan pembentukan badan inklusi. Pada penelitian ini DNA pengkode SitoPhoR berhasil disubkloning dan diekspresikan, namun diperlukan penelitian lanjutan untuk meningkatkan kelarutan protein. Keberhasilan ekspresi SitoPhoR Mtb, memungkinkan dilakukannya studi terkait struktur dan fungsinya, membuka jalan bagi upaya penemuan obat baru untuk melawan tuberkulosis.
ANALISIS SPEKTRUM RAMAN PADA SAMPEL DARAH UNTUK KEPERLUAN FORENSIK
Dalam dunia forensik, identifikasi waktu kejadian suatu peristiwa kriminal merupakan aspek yang sangat penting untuk membantu penyelidikan. Darah adalah salah satu bukti biologis yang paling umum ditemukan di Tempat Kejadian Perkara (TKP). Salah satu metode yang sering digunakan untuk mendapatkan informasi garis waktu kejadian adalah dengan menganalisis bercak darah yang ditemukan di TKP. Salah satu instrumen yang dapat digunakan untuk menganalisis bercak darah adalah dengan spektroskopi Raman. Kelebihan alat ini adalah tidak bersifat merusak sampel, pengukurannya cepat dan akurat, serta dapat dilakukan pada sampel padat, cair, dan gas. Data darah yang diteliti adalah dari 20 orang volunter yang setiap orang memberi sekitar 50 ?L darah. Darah tersebut diteteskan pada substrat aluminium foil, dan diukur setiap seminggu sekali, selama 16 minggu. Data hasil pengukuran spektroskopi Raman dilakukan preprocessing terlebih dahulu, sehingga data nya dapat dianalisis lebih lanjut. Didapat pola perubahan bentuk spektrum darah pada sampel yang sama dengan waktu pengukuran yang berbeda. Perbedaan bentuk spektrum disebabkan oleh adanya perubahan struktur hemoglobin yang mengalami oksidasi dan terdenaturasi, dari bentuk deoxyHb menjadi hemichrome. Analisis lebih lanjut dilakukan metode Principal Component Analysis (PCA). Berdasarkan hasil analisis PCA didapat bahwa bercak darah dapat diklasifikasikan berdasarkan subjek individunya dan berdasarkan perbedaan umur bercak darah tersebut. Hal ini dapat dimanfaatkan untuk mencari informasi tertentu untuk kepentingan forensik.
EKSPERIMEN MODEL TREE-BASED DAN NEURAL NETWORK UNTUK PREDIKSI AKTIVITAS DAN SELEKTIVITAS PROFIL HUMAN CARBONIC ANHYDRASE (HCA) ISOFORM II, IX, XII INHIBITOR
Enzim human Carbonic Anhydrase (hCA) memainkan peran penting dalam metabolisme tubuh manusia, termasuk regulasi pH, sekresi fluida, dan transportasi gas. Namun, overexpression isoform IX dan XII dari enzim ini dikaitkan dengan perkembangan berbagai jenis kanker, seperti kanker paruparu, payudara, dan otak. Ini menunjukkan pentingnya adanya metode untuk mendapatkan compound obat untuk menginhibisi isoform IX dan XII, salah satunya adalah virtual screening menggunakan model pembelajaran mesin. Penelitian yang menjadi acuan tugas akhir ini berhasil melatih model pembelajaran mesin dari berbagai variasi model untuk melakukan klasifikasi aktivitas compound terhadap isoform hCA II, IX, dan XII secara individual dan menemukan bahwa model berbasiskan pohon keputusan dan metode ensemble menghasilkan performa terbaik. Penelitian yang sama juga melakukan deduksi untuk mengambil kesimpulan bahwa model-model ini dapat memprediksi selektivitas profil compound berdasarkan performa setiap model yang tinggi. Penelitian ini menggunakan model-model state-of-the-art berbasiskan pohon keputusan dan neural network sebagai alternatif solusi untuk memprediksi aktivitas dan selektivitas profil compound terhadap isoform hCA II, IX, dan XII. Model yang digunakan dalam penelitian ini (ExtraTrees, XGBoost, GRANDE, DeepTLF, NCART, TabPFN) adalah model yang mengadaptasi pohon keputusan dengan modifikasi pembelajaran berbasiskan gradien atau model dengan arsitektur Transformer dengan harapan meningkatkan performa klasifikasi di atas performa pada penelitian acuan. Penelitian ini menemukan bahwa semua alternatif model yang digunakan memiliki performa tinggi yang secara statistik sama dalam melakukan klasifikasi compound secara individual. Penelitian ini juga menemukan bahwa model gagal melakukan prediksi selektivitas profil compound menggunakan data yang tersedia, berbeda dengan klaim yang dibuat penelitian acuan.
OPTIMASI EKSPRESI PROTEIN REKOMBINAN ACE2-LIKE ENZYME KEX1 UNTUK TERAPI PENGOBATAN COVID-19
Virus SARS-CoV-2 memiliki Receptor Binding Domain (RBD) pada protein spike yang mengenali reseptor ACE2 manusia. Infeksi SARS-CoV-2 dapat menyebabkan luka pada paru-paru dan hipertensi karena kerja dari sistem renin-angiotensin terganggu akibat tingginya kadar angiotensin II. Pemberian rhACE2 dapat menginhibisi internalisasi virus SARS-CoV-2 sehingga mampu melindungi sel-sel pada model organoid paru-paru. Akan tetapi sistem produksi rhACE2 perlu menggunakan sel hewan untuk proses glikosilasi. Sistem produksi dengan sel hewan membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang tinggi. ACE2-like enzyme dikembangkan dengan harapan memberikan efek yang sama dengan rhACE2 tetapi diproduksi pada E. coli BL21 (DE3) dalam waktu lebih singkat dan biaya lebih murah. Protein KEX1 dari Kluyveromyces marxianus yang berasal dari isolat yogurt asli Indonesia memiliki afinitas tinggi terhadap RBD protein spike SARS-CoV-2. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi produksi dan uji fungsionalitas protein rekombinan KEX1. Plasmid pET23a(+) yang telah disisipi gen pengkode kex1 ditransformasikan pada E. coli BL21 (DE3). Hasil SDS-PAGE menunjukan bahwa pita protein KEX1 memiliki ukuran 73 KDa dan terekpresi pada fase pelet. Keadaan optimum untuk produksi protein rekombinan KEX1 adalah pada suhu 37?, jumlah aktivasi 2 kali dengan aktivasi 1 selama 8 jam dan aktivasi 2 selama 16 jam, induksi IPTG pada OD 0,6, dan durasi induksi IPTG 3 jam dengan konsentrasi optimum 0,1 mM. Refolding protein KEX1 menggunakan bufer denaturan 2 M urea. Protein KEX1 berhasil dipurifikasi dan terkonfirmasi dengan western blot. Protein rekombinan KEX1 tidak memiliki aktivitas katalisis. Protein rekombinan KEX1 mampu menginhibisi protein S1 spike dari SARS-CoV-2 dengan relative inhibition sebesar 53%. Maka dari itu protein rekombinan KEX1 memiliki kemampuan sebagai agen netralisasi virus SARS-CoV-2.
EFFECT OF SUNFLOWER SEEDS (HELIANTHUS ANUUS L.) ON ENDURANCE CAPACITY IN SWISS WEBSTER MICE
Physical activity has many benefits for overall health, and nutrition plays an important role as a source of energy during activities and exercise. There are many sources of energy, one of which are plants. Sunflower seeds were chosen as a source of energy and their effect on endurance capacity was determined. The sunflower seeds were given as a single and repeated treatment before conducting a swim test with blood lactate concentration and swim time as parameters to determine its effect. Swiss Webster mice were used as subjects for the experiment and were divided into 5 groups. The normal and standard groups were used as a control, and the three dosage groups were given the equivalent of 1.95 g/kg (SDL), 3.90 g/kg (SDM), and 7.80 g/kg (SDH). During the single treatment experiment, the SDM and SDH groups had an increase in endurance, seen from a significant increase in swim time (SDM & SDH : p < 0.05). During the repeated treatment experiment, all 3 doses of sunflower seeds increased endurance (SDL : p < 0.01, SDM & SDH : p < 0.05). The increase in blood lactate was not significant, thus it was not used as a parameter of endurance. Instead, blood lactate was used as a parameter of exercise intensity. The blood lactate concentrations of the groups SDM and SDH increased significantly in the repeated treatment experiment compared to the single treatment experiment (p < 0.05) due to weight gain. The swim time recorded had no significant difference between the two experiments, showing no difference in endurance improvement. Based on these results, sunflower seeds can improve endurance capacity when consumed as either a single or repeated treatment and do not affect the formation of blood lactate.